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顱內感染性病變 首選MRI平掃和增強檢查。CT檢查也具有較大價值，如在鈣化的顯示上。MRI和CT檢查可互補選擇
 
1、顱內腫瘤
 
通常選擇計算機體層成像（CT）和磁共振成像（MRI）檢查。
 
MRI檢查有利于腫瘤位置、范圍及可能病理類型的判斷，便于臨床診治方案的制訂；必要時，可增選彌散加權成像（DWI）、灌注加權成像（PWI）、磁共振波譜（MRS）等MRI的功能成像序列，便于腫瘤類型和特性的判斷。
 
2、腦外傷
 
首選CT檢查，可以了解有無骨折、顱內出血等情況；懷疑存在彌漫性軸索損傷時，可選擇MRI檢查。
 
3、腦梗死
 
疑似急性缺血性腦卒中，建議首先完成急診顱腦CT平掃檢查，排除腦出血；而對急性缺血性腦卒中的早期診斷，推薦行MRI的DWI序列，其敏感性和特異性最高。
 
急性腦梗死發病超過3小時的患者，特別是考慮行血管內治療的患者，需要進行診斷性CT血管成像（CTA）檢查，找到阻塞的動脈。除此之外，計算機體層灌注（CTP）檢查可區分永久性梗死和可逆轉的缺血半暗帶，有助于溶栓和預后的判斷。
 
目前，部分醫院已針對急性缺血性腦卒中建立了急診多模態CT，即一站式完成CT平掃、頭頸聯合CTA及CTP檢查，這對于急性缺血性腦卒中診療方案的制訂和預后判斷具有指導意義。
 
4、顱內出血
 
CT是急性腦出血和蛛網膜下腔出血的首選影像學檢查。對于早期腦出血、新發或陳舊性微出血，推薦行MRI的SWI序列。
 
5、腦血管畸形
 
腦血管造影是診斷腦血管畸形的可靠方法，但操作較繁瑣、費用高。CT檢查顯示典型的病灶更為可靠，但合并有出血或梗死時診斷困難。MRI檢查對出血、鈣化及血管流空等多種特征信號的捕捉更有利于腦血管畸形的診斷，故推薦MRI檢查為首選方法。
 
6、顱內動脈瘤
 
首選CTA檢查。數字減影血管造影（DSA）是診斷顱內動脈瘤的"金標準"，故可作為CTA檢查的補充診斷手段。
 
7、顱內感染性病變
 
首選MRI平掃和增強檢查。CT檢查也具有較大價值，如在鈣化的顯示上。MRI和CT檢查可互補選擇。
 
8、顱腦先天性畸形及發育異常
 
首選MRI檢查，CT檢查可作為顯示骨及鈣化的補充。
 
9、腦變性疾病
 
首選MRI檢查，不僅能顯示形態學變化，且其中的MRS序列還能顯示區域性的代謝異常，有利于疾病診斷。
 
10、脊髓及椎管內病變
 
對于椎管內腫瘤、脊髓外傷、脊髓血管畸形等，MRI檢查具有較大價值，而CT檢查價值有限。
 
11、懷疑腦實質損傷
 
如脫髓鞘疾病、糖尿病腦病、肝性腦病、低血糖腦損傷、中毒性腦病、癲癇、腦白質病變等，首選MRI檢查。
 
12、后組顱神經病變
 
如三叉神經痛、舌咽神經痛、面聽神經等，可選擇MRI檢查。